기획재정부의 예산 및 기금 운용계획 지침에 따르면 특수활동비는 기밀유지가 요구되는 정보 및 사건수사, 기타 이에 준하는 국정수행활동에 직접 소요되는 경비로 규정되어 있는데, 기밀유지를 이유로 구체적인 산출근거 없이 예산이 총액 편성되고, 집행내역도 공개되지 않을 뿐만 아니라, 집행내용을 증빙할 자료를 첨부하지 않아도 된다.